В конце XVII в. власть Русского государства в Зауралье оказалась под ударом новых кочевых противников – «Казачьей орды» (киргиз-кайсаков, или казахов) и «Каракалпацкой орды» (каракалпаков), приходивших сюда из Средней Азии, из «земли Бухарской».

В 90-е гг. XVII в. отряды казахов и каракалпаков впервые вышли к территории Сибири и совершили ряд набегов на русские слободы. Главный удар кочевников был нанесен по слободам р. Тобол. В 1690 г. кочевники совершили набег под Тарханский острог и село Воскресенское. 4 августа из Тобольска и Тюмени за ними в погоню вышел крупный отряд в 700 чел. под началом А.В. Клепикова из детей боярских, конных казаков, служилых и захребетных татар. Русские совершили глубокий рейд в степь, идя по следам кочевников 38 дней, но найти их не смогли. В июле 1691 г. отряд Казачьей орды разграбил Утятскую и Камышевскую слободы.

В июне 1692 г. отряд «Казачей орды» вышел на деревни слободы Царева Городища. Отряд из 100 беломестных казаков отправился в погоню и настиг казахов недалеко от Царева Городища, но из-за незначительного количества людей не смог разгромить кочевников и сам понес большие потери (сотника и 40 чел., по Есиповской летописи).

Воеводы Тобольска в кризисный момент разгрома кочевниками поселений Среднего Притоболья попытались изменить ситуацию, размещая элитные части Тобольска и Тюмени летом в слободах по р. Тобол. В это время крупные отряды служилых людей командируются в Царево Городище, Ялуторовскую и Суерскую слободы. Тобольский воевода А.П. Головин провел реорганизацию расположения русских военных сил в период береговой службы. Основная часть воинов – «тобольские дети боярские и служилые люди и татары» – была переведена в Суерскую слободу, «тюменские дети боярские и служилые люди, татары» поставлены в слободе Царево Городище, слободские служилые люди стояли в слободах «каждый в своей сотне». Во главе главной группы стоял сын боярский Василий Шульгин, отряд в Царевом Городище возглавлял тюменский сын боярский Иван Молчанов.

В 1693 г. каракалпаки, опираясь на помощь отрядов Казачьей орды и башкир, разгромили отряд Шульгина, вступившего в сраженье с кочевниками у озера Семискуль на восточном берегу р. Тобол.

В 1697 г. правительство Петра I издало указ по укреплению крепостей на южной границе Сибири. После анализа материалов экспедиции по указанию Тобольской администрации в слободах Зауралья в течение нескольких лет велись серьезные фортификационные работы по усилению их обороноспособности. К лету 1699 г., по данным отписки Давыда Мейна, в Царевом Городище вокруг острога и посада от озера до р. Тобол были построены надолбы, выкопан ров и насыпан вал «для того что круг того посада крепости никакой не было». В 1700 г. сооружение второй линии обороны слободы завершилось.

К 1700 г. в слободе уже жила рота драгун 100 чел., из которых в период набегов 40 чел. посылались в Иковскую слободу для защиты крестьян от набегов кочевников. Д. Мейн писал, что гарнизон имеет хорошие угодья в районе слободы земель и «рыбных ловель и к строению леса нескудно». В итоге Д. Мейн делает важный вывод: «в той слободе пристойно быть городу и драгунским ротам». В целом большинство слобод Зауралья, описанных Д. Мейном, имели хорошие угодья и были пригодны для размещения отрядов драгун. Только одна Усть-Миасская слобода была признана полковником не годной к поселению драгун. Однако Царево городище выделяется Мейном по сравнению с другими слободами, только по отношению этой слободы полковник отметил, что здесь должен был быть город.

Наряду с укреплением слобод предусматривались и меры, призванные предупредить соприкосновение мирного населения и банд кочевников путем вывода крестьянских поселений из наиболее угрожаемых участков местности, где они становились легкой добычей «воинских людей». В июле 1699 г. штаб Сибирского полка слободских драгун получил из Тобольска указную прочетную память с приказом «со степи из деревень и заимок крестьян свесть в слободы». В Среднем Притоболье этот указ коснулся, прежде всего, поселения «степной стороны» – правого берега р. Тобол.

С начала XVIII в. в Южном Зауралье проходит строительство «крепостей» у десятков деревень, расположенных в пограничной зоне. В Ялуторовском дистрикте, административно оформившем слободы Среднего Притоболья, из 163 населенных пунктов, существовавших к 1749 г., с «городовым укреплением» был 41 (25%).

В 1731 г. Младшая орда казахов приняла русское подданство, что постепенно привело к прекращению набегов. Основным занятием казахов оставалось скотоводство. Летом и зимой скот находился на подножном корму, что повышало зависимость хозяйства казахов от природных условий. Не меньшей проблемой для скотоводства являлись постоянные баранты – взаимные грабежи, месть, заставлявшая целые роды бежать со старых кочевий. У каждого аула должны были быть особые летние, осенние, весенние и зимние кочевья. Если для летних кочевок были необходимы открытые степи около рек и озер, то зимой требовались лесные и горные районы, защищающие скот от плохой погоды. Односторонняя специализация казахов делала жизненно необходимой торговлю с населением Российского государства. Только оттуда они могли получать большинство ремесленных изделий, оружия, хлеб, предметы роскоши для аристократии. Взамен им приходилось увеличивать поставки скота. В начале XIX в. лишь на российской границе казахи продавали ежегодно до 1 млн овец и до 400 тыс. другого скота. Большое количество казахов нанималось в работники и пастухи в казачьи семьи, составив самую большую категорию работников на линиях.