В Омске в это время создается антибольшевистское коалиционное правительство, министром обороны в котором был А.В. Колчак. 18 ноября он арестовал Омскую директорию, взял власть в свои руки и был объявлен Верховным правителем России. Город Курган находился в зоне действия его армии.
Для отпора белым большевики создают воинские части. В начале апреля 1918 г. создан I Крестьянский Коммунистический полк. Его командиром с 15 июля 1918 г. стал Ф.Е. Акулов, комиссаром – А.А. Юдин. Именно в этом полку простым пулеметчиком служил Ф.И. Голиков, будущий маршал Советского Союза. Свое первое боевое крещение полк получил 11 июня возле г. Далматово. С боями полк отошел к селу Катайскому и дальше уже отступал по линии железной дороги. За стойкость в боях на Тагильском направлении 22 октября 1918 г. полк был награжден Красным знаменем ВЦИК и получил название «Красные орлы». Вместе с этим полком отступал IV Уральский полк, сформированный в Шадринске в апреле 1918 г. Полк состоял из трех рот и пулеметной команды. В его составе была даже рота венгров-интернационалистов. Одним из взводов командовал М.С. Шумилов. Вместе с отступающими частями Красной армии уходило и мирное население (около 1500 человек).
В Кургане уже летом 1918 г. формируется большевистское подполье. Подпольщики занимались распространением листовок, организацией митингов и демонстраций. Летом 1919 г. были раскрыты подпольные организации в городах Урала и Западной Сибири: Екатеринбурге, Омске, Петропавловске, Кургане. Были арестованы многие деятели подполья, в том числе и Наташа Аргентовская, которая умерла в курганской тюрьме. Памятник Наташе Аргентовской установлен недалеко от Курганской областной филармонии.
Одновременно в тылу у колчаковцев создаются так называемые кустарные батальоны. В эти, по сути, партизанские соединения входили люди, мобилизованные в армию Колчака. Не желая служить, они уходили из армии в леса, или, как тогда говорили «в кусты».
Ведя наступление, армия А.В. Колчака создавала опасность объединения с армией А.И. Деникина, что, скорее всего, привело бы к разгрому Красной армии. Советская власть провела срочную мобилизацию. На восток страны были отправлены лучшие командующие, в том числе М.Н. Тухачевский, А.И. Егоров и ряд других. В апреле 1919 г. Красная армия прорвала фронт. В результате трех последовательных операций – Бугурусланской, Белебейской, Уфимской – армия адмирала Колчака была отброшена за Урал.
Зауралье освобождали две армии. По северу (линия Екатеринбург – Тобольск) шла 3-я армия А.И. Егорова, по линии Челябинск – Петропавловск – 5-я армия М.Н. Тухачевского. Большую роль в занятии Кургана войсками красных сыграл сводный кавалерийский отряд Николая Дмитриевича Томина. 5-я армия находилась возле Челябинска и не могла на тот момент продвинуться вперед. Чтобы исправить положение, было решено отправить в тылы белой армии сводный отряд Н.Д. Томина, который отвлек бы внимание белых от армии Тухачевского. Задача освобождения города Кургана не ставилась. Более того, был отдан приказ встать в с. Чашинском. Но Томин решает нанести удар по Кургану и выбить оттуда белые части. Неожиданным, дерзким ударом отряд Томина занял деревню Новая (современный поселок Рябково). Белые подготовили несколько линий обороны, но после кровопролитных боев они были прорваны. Здесь полк разделился. Красные гусары двинулись на Курган, а I кавалерийский дивизион – на Большое Чаусово. В ночь с 13 на 14 августа 1919 г. красные гусары атаковали части белых, находившиеся западнее Кургана, и вслед за отступающим противником ворвались в город и на железнодорожную станцию Курган. Бой за станцию шел около 5 часов. Благодаря грамотным действиям кавалерийских частей красных противник не смог уничтожить мост через Тобол, а к четырем часам дня в город вошли части 5-й армии.
Кроме Кургана в июле был освобожден г. Далматово (этот город взял 267-й стрелковый полк 30-й стрелковой дивизии), а 4 августа – Шадринск. 20 августа красные форсировали Тобол и перешли в дальнейшее наступление. В начале сентября 1919 г. армия Колчака перешла в контрнаступление, и Курган опять оказался на линии фронтов. Но взять город второй раз белым не удалось. Вскоре в контрнаступление перешли красные, 16 ноября был взят Омск. Таким образом, осенью 1919 года силы белых в Зауралье были окончательно уничтожены.
