В южнозауральской степи на некоторое время установился вакуум власти, вызванный как пленением хана Алея, так и вынужденным уходом на запад ногаев. Однако вскоре ситуация в степях Зауралья кардинальным образом изменилась. Здесь появились новые хозяева – калмыки. В конце XVI века под ударами монголов калмыки откочевали со своих кочевий в Западной Монголии. Часть их решила поискать новые земли, более безопасные кочевья и отправилась на запад, в сторону Волги. К концу XVI столетия калмыки вплотную приближаются к южным границам русской колонии в Западной Сибири.

На протяжении всего XVII столетия вдоль русских владений в Сибири растянулся широкий пояс калмыцких кочевий, раскинувшийся от озера Кукунор до р. Волги. Характерно, что отряды калмыков принимали участие в таких важных событиях на восточной и западной окраинах Евразии, как бои под Пекином в 1644 г. и бои под Веной 1683 г.

Русские служилые люди Сибири отмечали высокий уровень военного искусства калмыков. Юрий Крижанич, хорват по национальности, священник-миссионер, в 1661-1667 гг. живший в ссылке в Тобольске, писал, что о военном деле калмыков и монголов «люди рассказывают нам чудеса». Он дал им следующую характеристику: «Что касается военного дела, то калмыки выходят в бой прекрасно вооруженные, т. е. в шлемах, с копьями и в кольчугах», прикрывая доспехами локти и бедра. В битве калмыки гнали перед собой скот, разрушая военный порядок противника. Вплоть до конца XVII столетия главным оружием калмыков оставался лук, хотя постепенно у них распространялось и ручное огнестрельное оружие – пищали.

Наиболее сильные конкуренты калмыков – казахи были отброшены ими в далекие южные степи. Калмыки оставались на одном месте до тех пор, пока их стадам хватало корма, затем, когда вся трава была истреблена, они гнали стада в другие места. Летом калмыки кочевали далеко на юге, подходя к Бухаре, а осенью направлялись в степи, пограничные Сибири, «ради изобилия там топлива».

В декабре 1616 г. Боярская дума постановила основное внимание на востоке уделить именно отношениям с калмыками, с которыми предполагалось обмениваться посольствами и подарками, с целью установления подданства над ними – «приводити их под государеву руку». Главным центром связей с кочевниками оставался Тобольск, откуда отправлялись посольства на юг, посольства калмыков к царю должны были сразу отправляться из Тобольска в Москву.

Некоторое время русские и татары в Южном Зауралье чувствовали себя в безопасности. Однако в 20-е гг. XVII в. положение здесь серьезно обострилось. В 1620 г. казахи объединились с монголами и нанесли поражение калмыкам в степях по Оби, после чего крупные массы последних отошли к Яику, Волге и Тоболу. В силу этого резко возросла конфликтность между ясачными татарами и башкирами (зауральскими тюрками), жившими или занимавшимися зверовыми промыслами на территории Южного Зауралья, и калмыками, в соединении с которыми часто отмечаются и царевичи-Кучумовичи. Так, в октябре 1620 г. тюменские служилые татары, зверовавшие на озере Щучье, были ограблены калмыками при поддержке царевича Ишима.

В 1622 г. на Средний Утяк пришел новый отряд калмыков. В 1623 г. из Тюмени послали на разведку казаков «проведать о калмыках». Одни из них поехали по Тоболу, другие пошли к реке Ишим, но всюду увидели следы калмыков в разных направлениях. Правители калмыков (тайши) начали требовать себе уплаты дани от русских подданных ясачных татар. Зимой 1623 г. тайша Уруслан требовал от зверовавших в Илецком лесу катайских татар уплаты ему ясака, а в случае их неповиновения угрожал им «повоеванием» со стороны царевича Ишима.

После новой войны с монголами и казахами в 1628 г. в южнозауральские степи по рекам Тобол и Яик прикочевал один из крупнейших калмыцких князей тайша Урлюк с 50 000 кибиток. В 1628 г. калмыки заняли южную часть Южного Зауралья, изгоняя ясачное население Кинырской, Бачкурской и Терсяцкой волостей с их угодий и вотчинных речек, и, по словам самих ясачных, «многих ясачных татар на промыслах всех побивают и мягкую рухлядь у них отнимают». В 1629 г. кочевники разорили Катайскую волость, а к 1631 г. кочевали уже по обе стороны Тобола, грабя ясачных татар на Медвежьем озере, на Утяке, Алабуге, Миассе и Исети. Все это подталкивало местное тюркоязычное население к русской власти.

В 1631 г. калмыки заняли весь юг Сибири от реки Тобол до реки Ишим и отняли у ясачных людей оброчные речки Куртамыш, Юргамыш и Алабугу. Все Южное Зауралье стало местом калмыцких кочевий. Воеводы, которые не могли местными силами восстановить положение, обратились за помощью в Москву. Весной 1632 г. в Тюмень была послана грамота царя Михаила Федоровича, которая предписывала воеводам установить добрые отношения с зашедшими в край группами калмыков и уговорить их уйти с территории уезда, восстановив обмен посольствами и торговлю. Только в крайнем случае предписывалось применять военную силу.

В 1632 г. из Тюмени был проведен крупный поиск калмыков отрядом из казаков и служилых татар под началом Ильи Бакшеева и Ивана Волкова. Они настигли и разбили грабителей около устья р. Уй. Это, однако, не гарантировало защиту ясачным татарам Зауралья от набегов других групп калмыков.

В мае и октябре 1633 г. сын Ишима Аблай и племянник Девлет-Гирей напали на поселения по Исети. Кучумовичи теперь не просто грабили ясачных татар, но ловили их и уводили в степь для продажи на рынках Средней Азии, а чаще для эксплуатации их труда в своих степных кочевьях.

В 1634 г. крупные отряды кочевников совершили набеги на уездные центры южных уездов Сибири – на города Тару и Тюмень. Южное Зауралье из окраины русской Сибири становилось проходным двором разбойничьих шаек. Небольшой гарнизон Тюмени из 334 человек не мог прикрыть край от набегов. В 1635 г. правительство перевело в наиболее подвергавшиеся угрозе города Тобольск, Тюмень и Тару 1000 воинов из Каргополя, Холмогор и Вологды. Теперь тюменских служилых людей стало 849 человек. После этого русские отряды из Тобольска, Тюмени и Тары, соединившись в степи, разгромили у реки Ишим несколько групп кочевников. В 1636 г. русско-башкирский отряд из Уфы разгромил силы царевичей Аблая и Тевки и взял их в плен.

Более десятка лет Южное Зауралье оставалось в относительном спокойствии. С калмыцкими тайшами и царевичами Кучумовичами российские власти поддерживали дипломатические отношения. Однако с лета 1650 г. ситуация вновь обострилась. Узнав о смерти царевича Аблая в русском плену, царевичи предприняли ряд агрессивных акций против русского и башкиро-татарского населения нашего края. Наиболее известным эпизодом этого периода стал погром первого русского поселения на Исети – Далматова монастыря – 8 сентября 1651 года сыном Аблая, царевичем Кучуком. В результате этого нападения монастырь был сожжен и разграблен, убито и сожжено в избах около двух десятков человек, еще примерно столько же было взято в плен.

В 50-60-е гг. XVII в. калмыки улуса Урлюка на р. Волге приняли русское подданство и вошли в состав Русского государства. В степях Южного Зауралья кочевали небольшие группы калмыков, периодически тревоживших русские владения. К середине XVII в. улусы калмыков находились на р. Тобол и р. Ишим, непосредственно подходя к южным уездам Сибири. Близость улусов кочевников оказывала большое влияние на жизнь южной окраины Западной Сибири, особенно на положение ясачного населения. В 1667 г. ясачные люди жаловались воеводам, что от постоянных набегов кочевников они разорены, и им нечем платить ясак. Кочевники занимали ясачные речки и угодья по р. Тоболу в районе рек Емуртлы и Суери, в Илецком бору, изгоняя оттуда ясачных людей, грабя, побивая и захватывая их в плен. Но они не представляли серьезной опасности для русской власти в Сибири, угрожая лишь ее окраинам. Воеводы из Тюмени при первых известиях о нападении грабителей высылали проезжие станицы – конные отряды служилых людей – казаков, стрельцов, татар, не боясь наткнуться на крупные силы калмыков. Их отдельные группы стали оседать среди местных тюрков.

Облегчение калмыкской угрозы привело к возврату из степей значительных групп местного населения, которые вновь пытались найти себе место в изменившейся политической и социально-экономической системе, что оказалось весьма не простым делом. Земельные споры вызвали большое тюркское восстание 1661-1669 гг., в результате которого в 1662 г. были сожжены Далматов монастырь, Царево Городище и Катайский острог на Исети. Восставшие даже обратились к Кучумовичам в лице внука сибирского хана Кучука и попытались восстановить Сибирское ханство. После первого восстания подобные движения будут возникать каждые 15-18 лет, хотя восстания поддерживали и не все местные «инородцы». В этих условиях понятно, что русское продвижение на юг оставалось затрудненным, и в 1670-е гг. оно проводилось лояльными тюркскими группами, на основе которых сформировались современные ичкинские татары в Альменевском, Сафакулевском и Шадринском районах.