Провозглашенный новым лидером курс на «совершенствование социализма» сопровождался масштабной кадровой реформой. Уже в первые годы потеряли свои посты большинство членов высшего политического руководства, секретарей областных партийных организаций и руководителей региональных органов власти. Этот процесс не обошел стороной и Курганскую область. В 1985 г. в отставку был вынужден уйти первый секретарь обкома КПСС Ф.К. Князев, который около 20 лет бессменно возглавлял партийную организацию. В 1988 г. сложил свои полномочия председатель исполкома Курганского областного Совета народных депутатов А.И. Махнёв, руководивший областью в течение 15 лет. Им на смену пришли новые люди: партийную организацию возглавил А.Н. Плеханов, а органы государственной власти – В.П. Герасимов, депутат Верховного Совета РСФСР.

Обновленное руководство КПСС провозгласило новый политический курс, который впоследствии стали именовать перестройкой. В 1987 г. впервые было впервые заявлено о намерении сделать избирательную систему более демократичной, разрешив проведение выборов на альтернативной основе. Ранее возможность стать депутатом была только у того, кто прошел утверждение в партийных органах. В соответствии с политической программой в 1988 г. были внесены изменения в Конституцию СССР. Высшим органом государственной власти стал Съезд народных депутатов СССР. В наследство от традиционной парламентской системы сохранился двухпалатный Верховный Совет СССР – постоянно действующий законодательный и контрольный орган, который избирался тайным голосованием из числа народных депутатов СССР.

26 марта 1989 г. состоялись выборы народных депутатов СССР. Впервые с 1917 г. зауральцы получили возможность оценивать разных кандидатов и их программы. Во время избирательной кампании обком партии с тревогой докладывал в ЦК КПСС об активизации на территории области «неформальных объединений», которые распространяли агитационные листовки, призывая не голосовать за коммунистов и чиновников.

Впервые в Зауралье в выборах приняли участие 91,2% избирателей, а не 100% как обычно. В одном из секретных докладов, направленных в Москву, отмечалось, что «на увеличение количества отказывающихся голосовать, а также результаты голосования сказалась задержка выплаты заработной платы, отсутствие в продаже многих товаров повседневного спроса». Народными депутатами СССР были избраны А.Ф. Коростелев (рабочий завода «Курганармхиммаш»), А.Г. Ефремов (директор шадринского совхоза «Красная звезда»), А.Н. Плеханов (первый секретарь Курганского обкома КПСС). От профсоюзов в состав Съезда народных депутатов делегирован А.А. Коренев (бригадир автомобильного предприятия), который впоследствии стал депутатом Верховного Совета СССР.

Через месяц депутаты приступили к парламентской законотворческой работе. Председателем Верховного Совета СССР ожидаемо был избран Генеральный секретарь КПСС М.С. Горбачёв, но выборы впервые прошли на альтернативной основе. Неожиданным для многих стало то, что с трибуны парламента начала звучать критика в адрес руководства страны. Появились первые политические депутатские объединения. Спустя год Съезд народных депутатов СССР принял два судьбоносных решения: М.С. Горбачев был избран Президентом СССР, а из Конституции СССР была исключена статья о руководящей роли КПСС.

В Курганской области на волне демократических преобразований начали появляться общественно-политические организации и отделения политических партий (Демократическая партия России, Демократическая партия коммунистов России, движения «Вече», «Демократическая Россия», «Движение демократических реформ»). По их инициативе проводились митинги, организовывались дискуссии в клубах избирателей, их деятельность начинает освещаться в средствах массовой информации. Очевидным фактом стало падение авторитета КПСС. Только в 1990 г. из областной партийной организации вышли более 11 тысяч её членов.

В марте 1990 г. прошли выборы депутатов Съезда народных депутатов России и депутатов местных Советов. В Курганской области на 11210 депутатских мандатов претендовали 13930 кандидатов. В семи избирательных округах по выборам народных депутатов РСФСР баллотировалось 40 кандидатов. Главной особенностью избирательной кампании стала возросшая активность населения. В выборах впервые участвовали некоммунистические общественно-политические объединения. Некоторым удалось провести своих кандидатов даже в руководство Советов народных депутатов. Явка избирателей на выборах в Курганской области снизилась до 86%. Впервые значительная часть избирателей – почти 100 тыс. проигнорировали выборы. По некоторым избирательным округам, где в первом туре не удалось определить явных лидеров, выборы продолжались еще в течение месяца. В Курганском областном Совете сформировались несколько депутатских групп (аграрии, коммунисты, радикальные демократы). Его председателем сначала был избран А.Н. Плеханов, а затем В.П. Герасимов, возглавлявший одновременно облисполком.

Народными депутатами РСФСР от Курганской области были избраны В.Я. Витебский (главный конструктор завода «Курганприбор»), Я.Д. Витебский (заведующий лабораторией Тюменского медицинского института), В.П. Герасимов (председатель облисполкома), В.Е. Гранкин (заведующий отделением Шадринской районной больницы), В.М. Иванов (директор хозяйства «Речновское»), Г.С. Калистратов (главный инженер стройуправления «Сельэлектросетьстрой») и О.А. Чистых (директор совхоза). Им предстояло принять участие в формировании российского законодательства. Председателем высшего законодательного органа власти России был избран быстро набирающий популярность лидер оппозиционной Межрегиональной депутатской группы в Верховном Совете СССР Б.Н. Ельцин.

Российским парламентариям было суждено сыграть определяющую роль в новейшей отечественной истории. 12 июня 1990 г. Съезд народных депутатов РСФСР абсолютным большинством голосов принял «Декларацию о государственном суверенитете Российской Советской Федеративной Социалистической Республики». В этом документе провозглашалась независимость России, верховенство её Конституции и законов над общесоюзными, разделение властей на законодательную, исполнительную и судебную. Во многом принятие Декларации стало точкой отчета «войны законов» Российской Федерации и Советского Союза.

К началу 1991 г. политическая ситуация в СССР стала критической. Федеральная власть продолжала терять контроль над союзными республиками, страна вступила в полосу дезинтеграции. Свидетельством нарастающего противостояния стало проведение 17 марта 1991 г. референдума, в ходе которого еще советские граждане должны были дать ответ на вопрос о необходимости сохранения СССР. Почти 77% зауральцев высказались за союзное государство. Абсолютное большинство, или 71,56%, также поддержали инициативу введения поста Президента Российской Федерации. 12 июня 1991 г. прошли выборы, в результате которых Президентом России был избран Б.Н. Ельцин, получивший поддержку 52,3% избирателей Курганской области.

В партийном и государственном руководстве Советского Союза началась подготовка к введению в стране чрезвычайного положения. 18 августа 1991 г. несколько высокопоставленных должностных лиц союзного правительства объявили о создании Государственного комитета по чрезвычайному положению в СССР (ГКЧП). В Москве сторонники российского руководства вышли на улицы. Несмотря на поступившие рекомендации, в Курганской области было принято решение не вводить чрезвычайное положение. Совет народных депутатов и облисполком заняли выжидательную позицию, призвав жителей сохранять выдержку и спокойствие. В то же время 20 августа 1991 г. в Кургане прошел митинг, осуждающий государственный переворот, произведенный членами ГКЧП.

23 августа 1991 г. после ареста членов ГКЧП был издан указ Президента РСФСР о приостановлении деятельности Коммунистической партии РСФСР. Начинается реформирование органов государственного управления, в регионах вводится институт назначаемых глав администраций.

Провал «попытки государственного переворота» и последовавшие за ним указы Президента России ознаменовали начало нового исторического периода, символом которого стал уход с политической арены КПСС как правящей партии и начало коренного изменения советской системы государственного управления.

Следствием политического кризиса августа 1991 г. стала ликвидация Советского Союза в качестве единого государства. 12 декабря 1991 г. депутаты Верховного Совета РСФСР проголосовали за расторжение Договора 1922 г. об образовании Советского Союза и ратифицировали соглашение об образовании Союза Независимых Государств (СНГ).