Ко времени присоединения Южного Зауралья к Русскому государству на его территории существовали разные религиозные традиции. Местное население, представленное на севере угорскими племенами, исповедовало языческие культы, а на юге представленное сибирскими татарами и башкирами, а также «бухарцами» – выходцами из Средней Азии, исповедовало ислам суннитского направления.

В целом русское правительство проводило политику веротерпимости в отношении коренных народов Сибири. Это объяснялось желанием сохранить ясачные волости в качестве поставщиков пушнины и не допустить возникновения конфликтов на почве конфессиональной принадлежности. В наказах сибирским воеводам часто содержался запрет на насильственное обращение представителей коренного населения Сибири в православие.