По мере русского продвижения к концу XVII – началу XVIII в. большинство мусульманских групп сконцентрировалось на западе и юге современной Курганской области (Альменевский, Сафакулевский, Катайский и Звериноголовский районы). Кроме автохтонных тюрков, на основе которых сформировались отдельные группы сибирских татар и зауральских башкир, здесь, а также по Исети и Миассу (современные Шатровский и Шадринский районы) значительными по своему влиянию были сформировавшиеся в 1670-е гг. исламские общины ичкинских татар, тесно связанные с тюменскими татарами. С 1770-х гг. после принятия Указа о веротерпимости и связанных с этим изменением государственной политики в населенных пунктах с доминирующим мусульманским населением начинается восстановление и строительство мечетей. Одним из признанных лидеров мусульман здесь был избранный ахуном (судьей) просветитель и мулла Батырша Алиев. С 1788 г. местные мусульманские общины были подчинены в вопросах веры и управления Оренбургскому муфтияту, реорганизованному в Оренбургское магометанское духовное собрание. Местными общинами руководили муллы, имевшие достаточно высокий уровень образования. Они активно участвовали как в просвещении местного населения, так и государственной политике (например, представители известной семьи из Альменево Тынкачевых).

При этом с конца XVII столетия государством все чаще стала проводиться линия на привлечение сибирских мусульман к христианству. Царский указ 1685 г. митрополиту Тобольскому и Сибирскому Павлу «О крещении иноверцов» предписывал крестить татар и бухарцев в православную веру. Правда, обращение в христианство должно было быть добровольным, без какого-либо принуждения. В указе говорилось: «…буде которые иноземцы похотят креститься в православную Христианскую веру волею своею, и их велеть принимать и крестить, а неволею никаких иноземцов крестить не велено…». Вскоре Петром I был поднят вопрос о целенаправленном крещении сибирских народов, что нашло выражение в нескольких масштабных миссионерских акциях первой половины XVIII в. Это вызвало сильное противодействие со стороны сибирских мусульман, и особым указом Елизаветы 1744 г. вновь было подтверждено, что обращение татар в православную веру должно носить добровольный характер. В 1773 г. Екатерина II провозгласила принцип веротерпимости к исламу и другим религиям, издав уже упомянутый выше указ «О терпимости всех вероисповеданий и о запрещении архиереям вступать в дела, касающиеся до иноверных исповеданий и до построения по их закону молитвенных домов, предоставляя все сие светским начальствам».

Таким образом, Российское правительство, проводя политику веротерпимости, провозглашало твердое господство православного исповедания. В XVII-XVIII вв. в Сибири, как и во всей России, ислам и его религиозные учреждения хотя и не были запрещены, но положение его по сравнению с православием было явно приниженным. Так, например, только православная церковь имела право в пределах государства убеждать не исповедующих православие к принятию этой веры. При этом переход мусульман в христианство всячески поддерживался и приветствовался (таких одаривали деньгами и одеждой, а также предоставляли налоговые льготы), а попытки обращения в ислам христиан или даже язычников жестко пресекались под страхом смертной казни (согласно одной из статей Соборного уложения 1649 г.). Принимались меры и по недопущению повторного обращения в ислам новообращенных татар (их называли новокрещенами), их старались переселять в «православные деревни». Таким образом, опасаясь распространения ислама среди православного населения Сибири, власть пыталась оградить новообращенных татар от татар-мусульман, стремилась территориально удалить мечети и ограничить их количество, а также запрещала мусульманам осуществлять миссионерскую деятельность.