На станции Курган на момент восстания находилось 6 эшелонов, то есть 2700 человек чехословацких легионеров. 1 июня 1918 г. они предлагают большевикам сдаться. Большевики отклоняют их ультиматум и создают штаб обороны города, который возглавил В.В. Губанов. Были сформированы 4 отряда: И.А. Ястржембского, А.Е. Мартынюка, матросов, продовольственной управы. Но оказать серьезного сопротивления профессиональным военным, имеющим опыт Первой мировой войны, эти спешно созданные отряды не смогли. 2 июня Курган оказался в руках Чехословацкого корпуса. Вырваться из города было почти невозможно. Легионеры установили на колокольне Троицкой церкви пулемет и простреливали Бакиновский мост (современная дамба), через который пытались уйти из города красные отряды. Только отряд Д.Е. Пичугина сумел вырваться из города. Он надеялся найти поддержку у крестьян Зауралья, но крестьянство уже отшатнулось от новой власти, и надеждам Пичугина не суждено было сбыться. 18 июня 1918 г. отряд Д.Е. Пичугина был окружен у села Усть-Суерского. Пичугин был взят в плен и у Белого Яра расстрелян.
А.П. Климов, Л.В. Аргентовский, А.Е. Мартынюк, Г.М. Зырянов, В.В. Губанов (комиссар труда, начальник штаба обороны города Кургана от белочехов), Е.Л. Зайцев (председатель Курганского уездного Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов), Я.Я. Пуриц (редактор курганской газеты «Известия Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов»), С.А. Солодовников (секретарь Курганского совета депутатов), Ф.И. Кучевасов (председатель следственной комиссии курганского революционного трибунала), М.П. Грунт (комиссар курганской тюрьмы) были арестованы, а 15 сентября 1918 г. в ответ на покушение на чехословацкого поручика Грабчека были расстреляны. М.Н. Буров-Петров был отправлен на «эшелоне смерти» в омский концентрационный лагерь, откуда сбежал по поддельным документам на имя Бурова Василия и долгое время сражался в партизанском отряде под Иркутском.
3 июня белые взяли станции Мишкино, Шумиха, и вся линия от Кургана до Челябинска оказалась под их контролем. Власть в Кургане принадлежала чехословацкому военному исполнительному комитету, были восстановлены Городская Дума, уездное самоуправление. Новое правительство, состоящее в основном из эсеров, восстанавливает деятельность всех органов власти, существовавших до революции.