В целом в регионе сохраняли свое положение те конфессии, которые сформировались в предшествующие столетия (православие, старообрядчество, ислам). Кроме того, появились представители католицизма, протестантизма и иудаизма.
В 1780-е гг. в ходе губернской реформы Екатерины II территория Южного Зауралья оказалась разделенной между тремя уездами трех губерний. В России того времени территориально это в основном соответствовало и епархиальному административно-территориальному делению: Курганский округ Тобольской губернии относился к Тобольской епархии, Шадринский – к Пермской, Челябинский – к Оренбургской. Однако благодаря активному экономическому развитию горнозаводской промышленности Урала во второй половине XIX в. происходит резкое увеличение населенности данного региона, что привело в 1885 г. к созданию Екатеринбургской епархии, в которую вошел с этого времени Шадринский уезд.
При значительном количестве старообрядцев и мусульман регион, тем не менее, являлся преимущественно православным. К началу ХХ века в регионе было построено более 200 православных храмов, среди которых необходимо отметить, в первую очередь, курганские соборы. Это Свято-Троицкий храм, Богородице-Рождественский собор, построенный в 1902 г., Александро-Невский кафедральный собор, рядом с которым в 1905 г. было построено Курганское духовное училище, являющееся частью здания современной Курганской областной администрации.
Память об основателе первого русского поселения в Южном Зауралье старце Далмате дошла до нашего времени, однако первые попытки его канонизации относятся еще к XIX в. В 1864 г. Пермская духовная консистория своим указом установила 24 июня в селе Далматово, в день его преставления, ежегодный крестный ход, в котором принимали участие тысячи паломников. В начале 1870-х гг. стали записываться свидетельства о чудесах, исцелениях и явлениях, связанных со старцем Далматом, однако его слава в это время осталась носить местный характер.
В 1840-е гг. старообрядцы в Курганском округе составляли около 9% от всего населения (104 тыс. чел.). 67% старообрядцев были «приемлющими священство», а 33% – беспоповцами. К 1912 г. в Курганском уезде имелось 20212 старообрядцев – всего 6% от населения, в городе 183 чел. В 1849 г. в Шадринском уезде насчитывалось 8609 чел. беспоповцев, из них в городе Шадринске 63 старообрядца, всего около 5% от населения уезда. К этому времени в результате политики правительства в уезде имелись только 2 часовни старообрядцев, одна из которых была закрыта властями. К 1860 г. в Шадринском уезде проживало 11557 старообрядцев, всего около 5% от жителей уезда, из которых большинство относились к беспоповцам.
Правительство неохотно шло на открытие старообрядческих молельных домов, опасаясь расширения их влияния среди православных. Так, на 1860 г. во всем Курганском округе было только 5 подобных домов, не выше было число и в соседних волостях иных округов, а позднее уездов. В 1903 г. старообрядцы города Кургана подали прошение об открытии молельного дома, однако в просьбе было отказано, а дальнейшая попытка открытия незаконного молельного дома привела к уголовному преследованию. Только в 1908 г. на средства общины старообрядцев-поморцев был отстроен молельный дом, а в 1911 г. появился второй молитвенный дом в Кургане.
С конца XVIII века наблюдается рост исламского образования в регионах и укрепление положения мусульманских общин, особенно ичкинских татар. Во многих населенных пунктах с преимущественно мусульманским населением к середине XIX в. имелись мечети, при которых с этого времени появляются медресе (крупнейший подобный образовательный центр был в Альменево) или в исключительных случаях мектебе, где преподавали арабский, тюркский и изредка персидский язык. В волостях Шадринского уезда Пермской губернии к 1869 г. было 5 мечетей в деревнях ичкинских татар. К 1906 году их число выросло до 49, при этом, по переписям, мусульмане составляли около 10%, а в отдельных волостях образовывали доминирующее большинство. В волостях Челябинского уезда Оренбургской губернии, расположенных в границах современной Курганской области, на 1916 г. было более 35 мечетей и несколько молельных домов, в отдельных деревнях было построено по две мечети. Мечети были построены и в некоторых казачьих станицах на территории современного Звериноголовского района, где представители ислама были причислены к казачьему сословию, кроме того, проживало значительное число купцов из степной зоны. В самом селе Звериноголовском строительство каменной мечети было разрешено в 1885 году, она до сих пор является крупнейшим мусульманским зданием в нашем регионе.
С прокладкой Транссибирской магистрали значительно увеличивается число мусульман в крупнейших городах региона. Представители мусульманской общины активно участвовали в торговле, в основном фруктами, мануфактурой и бакалеей, и сельском хозяйстве. Первой сформировалась городская община Шадринска, где к 1894 г. появился молельный дом и затем мечеть. В 1897 г. фиксируются первые мусульмане в г. Кургане (39 чел. из татар и зырян), к 1911 г. местная община увеличилась до 1028 чел., в то же время в Шадринске мусульман было не менее 400. В 1912 г. в Кургане лидером общины А. Галеевым была открыта на собственной усадьбе мечеть, а в 1918 г. при ней появилась татаро-башкирская школа. Мусульмане Курганского и Шадринского уездов приняли участие в событиях революции, в основном на стороне «большевиков» (в 1918 г. в Шадринске был создан мусульманский уездный Совет).
Появление католицизма на территории современной Курганской области обычно связывают со ссыльными поляками, в том числе дворянского происхождения, оказавшимися в Зауралье после польских восстаний 1830-1831 и 1863-1864 годов. Они расселялись небольшими группами как в Шадринске и Кургане, так и на самом юге в хуторах Усть-Уйского юрта Челябинского уезда (по данным на 1916 г.), вошедшего в состав Звериноголовского района. Ходатайство о разрешении создания в Кургане молитвенного дома поступало властям в 1862 и 1873 гг., но не было получено. Только к 1900 г. римско-католическая община в г. Кургане стала достаточно велика, в результате на заседании Курганской городской думы 12 июля был рассмотрен вопрос о постройке католического молитвенного дома. Необходимость строительства костела именно в этот момент возникла неслучайно, в 1893 г. через Курган прошла Транссибирская железнодорожная магистраль, а среди строителей, обслуживающего и инженерного состава Курганского участка тяги железной дороги было большое количество выходцев из западных российских губерний, традиционно придерживавшихся римско-католической веры. Вновь прибывшие вызвали на новое место жительства свои семьи. В 1904 г. в Кургане, по официальным данным, насчитывалось уже 408 католиков. В 1902 г. Курганский римско-католический костел был построен, он вошел в состав Могилевской епархии. Курганский костел получил название Святой Божьей Матери Неустающей Помощи.
Протестантизм появляется на территории современной Курганской области во второй половине XIX в. Это также связано с переселенцами и ссыльными из западных районов Российской империи. В 1862 г. в Курганском округе Тобольской губернии было зафиксировано 54 протестанта. Большая часть расселялась в волостях вокруг Кургана, но на самом деле проживали в самом городе. Резкий рост числа протестантского населения в частности в Кургане наблюдается на рубеже XIX-XX вв., что связано, скорее всего, с прохождением через город Транссибирской железнодорожной магистрали. В 1894 г. в Кургане числилось всего 2 протестанта, в 1897 – их уже 46, в 1904 – 120, а в 1911 г. только лютеране составляли 256 человек. В 1916 г. общины протестантов (лютеране и баптисты) также фиксируются на юге и западе области в хуторах Сарт-Калмакской волости и Усть-Уйском юрте Челябинского уезда (совр. Сафакулевский и Звериноголовский районы). В 1907 г. в Курганскую городскую Думу обратилось Евангельско-лютеранское общество с просьбой уступить ему усадебное место под постройку молитвенного дома. Переговоры тянулись до 1913 г., когда проект кирхи заказали известному зауральскому архитектору Н.А. Юшкову, уже имевшему опыт по созданию православных храмов. С началом Первой мировой войны количество протестантов увеличилось за счет интернированных российских немцев, беженцев (эстонцы и латыши), оставались также представители торговых фирм из Англии и Дании. В 1915 году кирха была освящена и открыта, при ней создали церковный хор, а богослужение велось на немецком, латышском и эстонском языках.
В Кургане население иудейского вероисповедания появляется только во второй половине XIX в. в качестве как ссыльных, так и переселенцев, которым было разрешено селиться только в черте города. В 1860 году здесь проживало 9 человек иудейского вероисповедания. К 1894 г. количество евреев увеличилось до 27 человек. Небольшое увеличение численности продолжалось и в последующие годы: к 1912 году – 96 мужчин и 80 женщин. Среди занятий представителей еврейского населения в Кургане можно упомянуть в основном связанные с торговлей и сферой услуг, в том числе скупку и продажу семян, парикмахерские услуги, врачебное дело, продажу швейных машин, продажу золотых, серебряных изделий, часов, хлебобулочных изделий и бакалейных товаров. Роль в торговле схожа и с иными городами Западной Сибири. Увеличение численности привело к появлению прошения 1913 года о постройке синагоги в городе для обеспечения нужд верующих. После долгой переписки разрешение от архитектора было получено, что привело к строительству единственной в регионе синагоги.