С самого начала русской колонизации Сибири новые земли воспринимались православными людьми как территория, «неосвященная светом христовым». В Сибирской летописи указано, что Ермак был избран Богом, чтобы «очистити место святыни», а затем на месте этом должны будут «соделашася святыя божия церкви в прибежище православным христианом, а во славословие Отцу и Сыну и Духу Святому».
После того, как в Зауралье стали появляться первые русские города и остроги, начинают возникать и церкви, часовни, монастыри – непременный атрибут повседневной православной жизни. Именно с этими культовыми сооружениями было связано отправление важнейших духовных потребностей православного населения – крещение, причащение, венчание, отпевание. Кроме того, церковь была местом проявления духовной связи между государем и его подданными. Во многих челобитных о церковных нуждах, адресованных царю, люди обязательно подчеркивали, что этот храм – «царское богомолье». В церквах присягали царям, служили молебны в дни царских именин и бракосочетаний, молились за здравие и за упокой царственных особ. Монаршая воля лежала в основе всего. Без царского указа нельзя было построить ни город, ни слободу, ни церковь. В конце XVI – XVII в. все церкви в Зауралье строились по царскому указу, независимо от того, кто выступил инициатором возведения церкви (епархиальные власти, светская администрация или община).
По мере численного увеличения православного населения Сибири все острее вставал вопрос о единоначалии сибирского церковного управления. Первоначально оно осуществлялось духовенством Казанской, Ростовской или Вологодской епархий, что в силу крайней удаленности не давало положительных результатов. В связи с этим во время царствования Михаила Федоровича при патриархе Филарете было принято решение об открытии самостоятельной Сибирской епархии с размещением архиерейской кафедры в Тобольске, куда 8 сентября 1620 г. был назначен архиепископ Киприан (Старорусенин).
Впрочем, гражданские власти в лице сибирских воевод не были заинтересованы в присутствии на вновь обживаемых территориях иных не подчиненных им властных структур в лице архиепископа, наделенного к тому же контролирующими функциями. На фоне этого противостояния гражданских и духовных властей, иногда перерастающего и в открытый конфликт, происходило постепенное упрочение позиций церкви на территории Зауралья.
Благодаря активной хозяйственной деятельности первых сибирских архиепископов по освоению многочисленных сельскохозяйственных и промысловых угодий, а также по заведению заимок и деревень, монастырей и их хозяйственных поселений, церковь в Зауралье становилась все более явным конкурентом гражданских властей в колонизационной деятельности. И потому совсем не удивительно, что первыми поселениями в Южном Зауралье являются именно монастыри или их заимки: Исетская Успенская пустынь (будущий Далматов монастырь) – 1644 г., Рафайлова пустынь (будущий Рафайлов монастырь) – 1645 г., Коцкая заимка Кондинского Троицкого монастыря – 1662 г. В дальнейшем именно монастырские поселенья шли в авангарде крестьянской колонизации края. Так, западная и южная границы региона были уже в конце XVII в. обозначены хозяйственными поселениями Далматова монастыря – Железенским, на речке Каменке (Железенке), осваивающим «железную руду по обе стороны тое речки, лесные и чистые места и всякие угодья в тех урочищах» (впоследствии Каменский железоделательный завод), и Уйским, при впадении р. Уй в Тобол, «к водворению рыболовов и для поклажи снастей и рыбы необходимое».