Территории по реке Тобол с крупнейшими притоками как части Сибирского ханства входили в состав Русского государства не одновременно. Земли Приисетья, чье население было территориально ближе к крупнейшему центру русского влияния в Тюмени, начали входить в состав Московии не ранее конца 1590-х – начала 1600-х гг., после разгрома и гибели хана Кучума. Именно с этого времени тюркские волости по этой реки постоянно упоминаются в переписке воевод, а их население заключает шерти (договорные грамоты) с воеводами и начинает платить ясак в Тюмень и Верхотурье. На протяжении следующих десятилетий русская колонизация с Приисетья будет спускаться к югу, на территорию самого крупного из местных племен – табынцев, занимавших значительную часть степей от Тобола до Урала. Включение местных тюркских коллективов в состав Российского государства значительно упрощалось благодаря наличию общей с русскими поселенцами внешней опасности от калмыков, а позднее казахов.

Однако постоянное русское население в крае, тем более по среднему течению Тобола, начало формироваться лишь в середине XVII века. Почему же русские не сразу начали освоение территории Южного Зауралья? Главных причин здесь две. Первая заключалась в том, что первоначально небольшое русское население Сибири искало здесь не удобные земли, а пушнину, прежде всего соболя – валюту того времени. Но пушнины на юге Сибири было мало. Поэтому казаки и охотники пошли «встречь солнцу» – на восток, по рекам и лесам таежной зоны в направлении Восточной Сибири и Дальнего Востока. И когда на юге Зауралья возникли первые крупные русские поселения, на востоке казаки уже закрепились на берегах Тихого океана. При этом первое время для русской власти было гораздо важнее сохранить ясачные выплаты от местного населения, чем расселять на их землях русских крестьян и менять их статус.

Вторая причина – в обострении отношений как между кочевниками – народами Великой Степи и в постоянных войнах между ними, так и в их конфликте с русскими властями, которые претендовали на их ясачные места и пастбища. Отсутствие у кочевников единой сильной власти в степи всегда плохо сказывалось на жизни соседних оседлых народов, так как именно за счет них кочевники пытались решать свои экономические проблемы.

В Зауралье ситуация осложнялась еще и тем, что возле его южных границ теперь кочевали с небольшими отрядами, состоявшими из местных тюрков, сыновья и внуки хана Кучума – Кучумовичи (как их позже стали именовать историки), претендовавшие, по мнению русских властей, на возврат власти в своих бывших сибирских владениях. За неимением собственных больших сил Кучумовичам приходилось опираться на поддержку других кочевых народов, для которых покровительство наследникам Сибирского ханства являлось престижным, статусным признаком. К концу XVI – началу XVII века от южных границ Зауралья до Волги кочевали племена ногаев, связанные с еще одним позднесредневековым государством – Ногайской Ордой. Под их прикрытием в районе рек Ишим и Тобол и их притоков жили и кочевали старшие сыновья Кучума Алей, Канай и Азим с несколькими сотнями «воинских людей». Так, например, в 1605 году царевич Азим с отрядом в 300 человек стоял в устье реки Суери (ныне Белозерский район), а Алей – около Щучьего озера. Несмотря на небольшие размеры этих отрядов, они вряд ли значительно уступали соответствующим русским контингентам. Другое дело, что с 1586 г. постепенно увеличивался процесс добровольного перехода местных татар под русскую власть.

В начале XVII века сложились благоприятные условия для налаживания вполне мирных отношений между царевичами и русскими властями. Они обменивались посольствами, некоторые царевичи (Ханчубар и Ишим) совершили поездки в Москву и вернулись обратно в степь. Однако постепенно отношения становились все более острыми. Царевичи были обеспокоены судьбой своих детей, братьев, жен и матерей, попавших в плен или отправленных «ко государеву жалованью» и находившихся ныне на территории Московского государства, а русские власти были напуганы многочисленными слухами («вестями») о якобы агрессивных планах царевичей против русской колонии.

Весной-летом 1607 года напряженность отношений с царевичами переросла в острую фазу. Из Тюмени было совершено несколько крупных походов против Алея с братьями, и, несмотря на попытки сопротивления и ответные их акции против ясачного татарского населения, кочевья Кучумовичей были разгромлены, взяты в плен члены их семей, а сами царевичи были вынуждены бежать. Алей ушел к ногаям, Азим – в орду казахов, а Ишим – к калмыкам, один из предводителей которых – тайша Урлюк – являлся его тестем. В следующем году Алей, наследовавший ханскую власть после смерти своего отца Кучума, был взят в плен и отправлен в город Ярославль.