После смерти Абу-л-Хайра в 1468 года сыновья и внуки Хаджи-Мухаммада поднимают восстание против узбекских ханов. Один из них (Ибрахим) около 1469 г. становится тюменским ханом и новым лидером Шибанидов. Тюменское ханство, расположенное на юге Западной Сибири, становится важной частью международной политики, получая военную поддержку от могущественной Ногайской Орды, с лидерами которой будут неоднократно заключаться брачные и военные союзы. В январе 1481 года именно Ибрахим убьет на Северном Донце большеордынского хана Ахмада, который за несколько месяцев до этого будет вынужден отступить на юг после затяжного «стояния на р.Угре». После этого он будет добиваться своего признания в качестве официального правителя Улуса Джучи, который степные лидеры хотели восстановить. С этой целью Ибрахим будет обмениваться посланиями с Московским князем Иваном III, вмешиваться в решение вопроса о казанских правителях, бороться за сохранение земель в Приаралье и на Сырдарье, а также совершит два похода на Астрахань. Все это было необходимо для получения внешней добычи, раздача которой способствовала росту авторитета хана и стабилизировала его власть. С конца 1480-х гг. при кочевой ставке Ибрахима значительно увеличилось число казанских татар, недовольных усилением русской власти в их городе. Однако по причине провалов многих внешнеполитических начинаний хан имел проблемы с контролем населения государства, в частности у него разгорелся конфликт с биями одного из крупнейших местных племен табын, которое занимало значительные территории между Уралом, Тоболом и Исетью. В результате они увели часть своих людей в Приуралье.

Последние известия об этом хане будут доставлены в Москву в 1493 г. Уже в 1495 году новым тюменским ханом станет его брат Мамук, который ранее руководил местными войсками и был соправителем Ибрахима. Он попытается продолжить политику предшествующего времени и даже в 1496 г. станет казанским ханом, хотя уже год спустя оставит этот престол и на обратном пути скончается. С 1497 г. тюменским правителем будет третий из братьев Агалак, а затем около 1505 года он уступит престол сыну Ибрахима Кутлуку. Оба они будут вести довольно безуспешную политику в Приуралье и Поволжье, в том числе в противостоянии с проникновением в этот регион русских.

Тюменское ханство развивалось в крайне неблагоприятных условиях, которые могут объяснить причины политики местных ханов в довольно удаленных регионах. С середины XV века начинается изменение климата в сторону похолодания, которое известно как малый ледниковый период. Это делало затруднительным ведение традиционного кочевого скотоводства на юге Западной Сибири, что провоцировало отток населения к южным соседям из числа ногайских и узбекских лидеров. К 1510-м гг. представители тюменской правящей династии также уходят на юг, в Приаралье и на Сырдарью, где участвуют в становлении Бухарского и Хивинского ханств.

Это не означало разрыва с сибирским населением, которое в то время именовалось по названию династии – «шибанскими татарами» или по территории и столице – «тюменскими татарами». От имени ханов ими управляли сибирские князья из династии Тайбугидов, которые располагались в г. Искер (недалеко от современного Тобольска), а более южные лесостепные группы были под контролем ногайских родственников тюменских ханов, в частности Шейх-Мамая. При его дворе будут воспитываться внуки Ибрахима и будущие сибирские правители Ахмад-Гирей и Кучум. Важной тенденцией этого времени был рост оседлости местных тюрко-татарских групп населения, а также постепенный переход от меридиональных к параллельным перекочевкам через Уральские горы.