В 1360-е гг. в Золотой Орде начался комплексный кризис. Его причинами были кризис правящей династии Батуидов, начавшаяся степная засуха. Значимый удар по экономическим центрам нанесла эпидемия чумы, прокатившаяся по степям в 1340-х гг. В этих условиях за власть в столице Золотой Орды г. Сарае и других крупных центрах начинают бороться представители иных семей Джучидов, в том числе потомки Шибана и одного из самых младших братьев Тука-Тимура. На протяжении 1360-1370-х гг. Поволжье неоднократно переходит из руки в руки, причем для Шибанидов своеобразной рекреационной зоной накопления сил в этой борьбе были их традиционные кочевья в Юго-Западной Сибири и Северного Казахстана. Само участие в этой борьбе было невозможно без поддержки кочевой аристократии, чье значение неуклонно растет, и рядовых кочевников, а также соответствующей экономики, которая обеспечивалась именно сибирскими группами. В 1378 году конкурирующие семьи сплотили свои усилия по восстановлению Золотой Орды и борьбе с могущественным беком Тамерланом. При поддержке Шибанида Араб-шаха, разгромившего русские войска в битве на р. Пьяне в 1377 г., новым ордынским ханом стал Тохтамыш из Тука-Тимуридов. На протяжении всего его правления потомки Шибана поддерживали все его начинания и участвовали в военных действиях против Тамерлана, войска которого в походе 1391 года пересекли р.Тобол. В конечном итоге Тохтамыш, потерпевший неоднократные поражения, отступил в Сибирскую землю под Тюмень, где и был убит зимой 1406 года новым ордынским ханом Шадибеком.

Продолжающиеся смуты станут причиной постепенной утраты ордынскими ханами многих периферийных территорий, где формируются собственные правящие династии. Они стремились не столько к созданию отдельных (постордынских) государств, сколько к восстановлению единой Золотой Орды. Выразителем этих тенденций был и могущественный бек Мангытского юрта (Ногайской Орды) Едигей, который в 1413 году совершил поход в Сибирь вместе с Тука-Тимуридом Чекре. Находившиеся в Сибири судьи (наместники, или даруги) оказали им поддержку. Спустя 6 лет тот же Едигей в борьбе с сыновьями Тохтамыша был вынужден опереться на молодого Шибанида Хаджи-Мухаммада, который через год после этого стал новым ханом при поддержке одного из сыновей мангытского бека. С этого времени сформировалась важная для последующей истории тенденция постоянных союзов между Шибанидами и Едигеевичами, которые сыграют важную роль в истории XV-XVI вв.

В 1420-е гг. династию Шибанидов будут раздирать междоусобные войны и борьба за власть, в которой примут участие на стороне разных ханов и тюрко-татарские племена Юго-Западной Сибири. Одновременно с этим правители будут стремиться постепенно расширять свои владения к северу в таежную зону, где в крупнейшем тогда сибирском городе Тюмени (Чимги-туре) правили хакимы (старейшины) из племени буркутов. Одним из традиционных путей на север были берега Тобола и его крупнейших притоков Исети и Миасса, по которым кочевали представители племени салжиутов. В результате эта территория из периферии ордынского пространства внезапно становится одним из центров развития новой сибирской государственности.