В 1207 г. старший сын Чингизхана Джучи совершил поход на «лесные народы», в ходе которого власть монголов принял народ «шибир». Это название максимально схоже с находившейся позднее в составе Золотой Орды (Улуса Джучи) территорией «Сибир и Ибир». При этом авторы XIII-XIV вв. понимали под Сибирью земли между реками Тобол и Иртыш. В 1208 году монгольские войска в погоне за своими врагами из племени меркитов вышли к восточному берегу р.Иртыш, а их противники бежали на запад к принявшим их племенам канглов и кыпчаков, родственных половцам русских летописей.

С этого времени начинается процесс включения Среднего Притоболья как части Юго-Западной Сибири в состав Монгольской империи. Исторические источники не позволяют судить о непосредственном ходе этих событий. В степной зоне местные кочевые племена, особенно после разгрома союзного им государства Хорезмшахов в Центральной Азии, постепенно теряли контроль над степью. В 1220-1221 гг. для окончательно подчинения Восточного Дешт-и кыпчака (Земель кыпчаков) были отправлены Джучи и один из самых известных монгольских полководцев Субедей, который в 1223 году разобьет войска половцев и русских на р. Калке. В 1225 году все земли от Алтая до Урала были отданы, по решению Чингизхана, в управление старшему сыну. В результате в составе империи образовался отдельный Улус (удел) Джучи с главной кочевой ставкой на Иртыше.

Эффект от событий этих двух десятилетий для населения нашего региона, которое было представлено мадьярами-бакальцами и уграми-юдинцами, был неоднозначным. Во-первых, они были подчинены Монгольской империи, а следовательно, обязывались выплачивать в ее пользу ясак (пушной налог) и некоторые другие налоги, а также участвовать в военных походах. При этом известный средневековый путешественник Марко Поло, который проезжал по соседним степям в конце XIII – начале XIV века, отмечал, что сибирские народы были включены и в торговые связи империи. Для контроля над выполнением этих обязанностей в Сибири, как в целом именовали все земли от Иртыша до Тобола, появились монгольские наместники (даруги). Во-вторых, начался приток степных тюркских и монгольских племен, что значительно изменило этнокультурную карту региона. Вначале это были бежавшие от монголов немногочисленные представители кыпчаков или канглов, потом родственные монголам алтайские племена. Все это привело к усилению в регионе ранее начавшейся тюркизации, следствием которой стало формировании местных тюркских групп, наследниками которых являются современные сибирских татары, в том числе их ичкинская группа на территории северных районов нашей области. Археологические следы нарастающего степного влияния видны в одном из курганов могильника Усть-Терсюк-4 и кладе у с. Белый Яр, где найдены характерные предметы вооружения и конской сбруи конца XII – начала XIII веков. В то же время в регионе появляются весьма своеобразные китайские «сюжетные» зеркала, которые могли быть принесены только кочевниками Монголии или Алтая.

В 1227 году скончался Джучи, а его земли были переданы, по приказу Чингизхана, который сам умрет в этом же году, в управление трем из четырнадцати его сыновей (Джучидов). Это были Орда, Бату (Батый русских источников) и Шибан. Они должны были продолжить западные завоевания своего отца, но столкнулись с сопротивлением приуральских венгров и поддерживавшей их волжской Булгарии. В результате в 1235 году монгольский курултай объявил о подготовке общего западного похода, силы для которого стали накапливаться именно на территории Улуса Джучи. Этот поход, непосредственно затронувший не только поволжские и приуральские народы, но и русские княжества, а также государства Восточной Европы, продолжался с 1236 по 1241 год.