Следующий период в истории Курганской области – это энеолит (5400-4200 лет назад), или медно-каменный век. Медно-каменным его называют потому, что появившиеся в энеолите зачатки металлургии и металлообработки меди не нарушали процесс эволюции каменного инвентаря и полностью вписываются в общую картину развития материальной культуры. На редких стоянках и поселениях встречены единичные предметы из меди и следы металлургического производства – тогда металл был еще очень дорог.
В Курганской области исследовано около десяти поселений энеолитического периода: Кочегарово I, Коршуново, Вавилон и другие. Жилища-полуземлянки получают еще большее распространение. Такое жилище лесостепных охотников и рыболовов было изучено на реке Миасс на границе Юргамышского и Мишкинского районов, на поселении Кочегарово I. В нем жили около 5200 лет назад. Это полуземлянка, выкопанная в песчаном грунте, четырехугольной формы со скругленными углами, площадью более 50 м2. Судя по сохранившимся ямкам, заглубленное в землю на 50-40 см жилище имело каркасно-столбовую конструкцию. Удалось проследить очень интересную деталь – во внутреннее пространство дома входила территория не только самого котлована, как это обычно делалось в то время, но и полоса шириной около 1,5-2 м по периметру за границей углубленной части. Это своеобразная хозяйственная зона между полом и крышей вдоль стен, на которой сохранились раздавленные при обрушении кровли сосуды и орудия из камня. На полу традиционные остатки очага и хозяйственные углубления.
Орудия из камня продолжают традиции неолитического населения, но больше становится изделий из отщепов, обработанных с двух сторон: наконечники стрел, скребки, скребла с использованием разноцветных кремнистых пород. Увеличивается количество шлифованных топоров и тесел, что связано с увеличением обработки дерева, поскольку поселки в это время значительно расширяются. Керамическая посуда с округлым дном, орнаментальные узоры имеют линейные и сложные геометрические композиции. Как и в неолите, сосуществуют две основные традиции в украшении керамики – оттисками зубчатого (гребенчатого) штампа и близко поставленными наколами, похожими на оттиски шнура (ложношнуровая).
Основой системы жизнеобеспечения являлись охота и рыболовство. Объектами охоты были лошадь, лось, медведь, благородный олень, косуля, барсук, куница и выдра, а также водоплавающая дичь. Рыболовство реконструируется по встречающимся среди артефактов наборам грузил различных форм и остаткам костей и чешуи рыб. Видовой состав рыб за прошедшее время практически не изменился, и 5000 лет назад наши земляки ловили тех же щуку, окуня, карася и еще около двух десятков известных видов, которые мы ловим и сейчас. Грузила от сетей из обожженной глины биконической и цилиндрической (сигаровидной) формы мы находим практически на всех стоянках энеолита Притоболья. Сети плели или из крапивы, или из конского волоса. Важными отраслями экономики являлись кожевенное производство и деревообработка.
В энеолите в Курганской области появляются святилища древнего населения. Святилище Савин I находится на правом берегу реки Тобол, занимает песчаную гриву, возвышающуюся над окружающей местностью. В результате раскопок были обнаружены остатки удивительного сооружения, в плане похожего на восьмерку. Кольца, соединенные между собой, образованы канавами шириной от одного до двух метров и глубиной порой больше метра. В канавах оставлены разрывы для проходов внутрь с запада и востока. Диаметр колец – 16-18 м. В канавках, создающих кольца, а также внутри них зафиксировано более ста ямок как для установки столбов, так и для совершения обрядов. В таких ямках находились кости, керамика и орудия из камня. В пределах сооружений также обнаружены два погребения, в одном из которых захоронено сразу три человека, один над другим. Всего же на святилище было найдено более семи тысяч различных предметов: керамические сосуды, орудия из камня и кости, а также костные останки лошади, косули, лося, кабана, медведя и волка. Недалеко от этого святилища было найдено еще одно, которое получило название Слободчики I. Здесь было только одно кольцо, ограничивавшее площадку диаметром около 14 м. По собранным материалам можно предполагать, что оба святилища функционировали одновременно, но, вероятно, на них проводились различные по назначению обряды. Эти сооружения можно рассматривать как культовые места – святилища, планировка и функционирование которых связаны с астрономическими ориентирами.
К настоящему времени в лесостепном Зауралье выявлено довольно значительное количество погребальных комплексов медно-каменного века. Всего в Курганской области изучено 32 захоронения, которые по позе умерших можно разделить на несколько видов: 1 Положение на боку в сильно скорченном состоянии, руки и ноги согнуты; 2 Погребения в сидячем положении в округлых или овальных ямах; 3 Захоронения по принципу антитезы; 4 Погребения лежа на спине, ноги вытянуты. 5 Ярусные захоронения – по три человека в одном погребении, уложенных друг на друга; 6 Погребения с неопределенной позой. В лесостепном Притоболье погребения всех видов совместно представлены компактной группой в могильнике (поселении) Верхняя Алабуга.