На рубеже ледникового периода (плейстоцена) и современного (голоцена) около 10300 лет назад происходит резкий природно-климатический перелом, связанный с потеплением и смягчением климата. В последующие периоды происходит перестройка структуры ландшафтов. На территории современной Курганской области в бассейне реки Тобол устанавливаются лесостепные ландшафты. В южных районах распространяются березовые леса с осиной и ольхой. В северных районах – перелески березовые с примесью вяза или сосны. Исчезают виды открытых пространств: мамонты, шерстистые носороги, бизоны. Начинают преобладать северный олень, лось, заяц, бобр, медведь и др. Переход к современным ландшафтам вызвал изменения в «поведении» основных промысловых видов – северный олень меняет «образ жизни» и пасется теперь мелкими стадами, преобладают виды, живущие небольшими группами – лось, благородный олень, косуля. Все это требовало от охотников изменений в тактике и стратегии промысла, что не могло не привести к переменам в технике и технологии и в целом в системе хозяйства.
В новом природном окружении в мезолите (10000 – 7500 лет назад) начинает проявляться вполне определенное территориальное своеобразие отдельных культурных традиций местного населения. В Курганской области известно пока немного исследованных стоянок мезолита: Ташково IIа, Ташково IV в Каргапольском районе, Черная гора и другие, неподалёку от пос. Озёрное Звериноголовского района. Орудия труда изготавливались из очень тонких и узких кремневых пластинок (микропластинчатая техника) шириной меньше 1 см. Большое распространение получили вкладышевые орудия. Для того чтобы получить вкладышевое изделие, необходимо иметь основу из кости, рога или дерева и придать ей строганием, резанием и шлифовкой определенную форму и размеры. Понятно, что для кинжала параметры будут одни, для наконечника стрелы – другие, для гарпуна – третьи и т.д. Затем нужно взять резец и прорезать по краю заготовки пазы. Для получения вкладышей с нуклеуса отщепляли пластинки стандартного размера, у которых отсекались верхние и нижние части. Оставшаяся средняя, наиболее ровная часть пластинки, так называемое медиальное сечение, использовалась в качестве вкладыша, размеры которого обычно составляли 2,5 см в длину, 0,7-0,8 см в ширину и 0,2 см в толщину. Затем готовые вкладыши вставляли в паз, аккуратно подгоняя один к другому, и закрепляли каким-либо органическим клеем. Получался очень острый режущий край. Если в процессе использования одна или несколько пластинок-вкладышей ломались, их легко и быстро заменяли. Кроме этого были пластинки с обработкой края (ретушью) – ножи, пластинки с выемкой – скобели для обработки древков стрел, резцы – для прорезания пазов, скребки – для выделки шкур, острия-проколки – для шитья меха и кожи. Именно такой набор орудий из кремня всегда встречается при раскопках мезолитических стоянок в Притоболье. Еще один тип находок, характерных для местной культуры, – это геометрические микролиты – орудия, сделанные из пластинок в форме ассиметричных трапеций и треугольников. Существуют разные предположения их применения: одни считают, что их использовали в качестве вкладышей, другие – что они служили наконечниками стрел и т. д.
Коллективы охотников мезолита были немногочисленны и часто передвигались по своей территории, поэтому распространены были легкие наземные жилища. Наземное жилище сооружалось из жердей, которые укреплялись в земле, создавая каркас, затем покрывались шкурами. Снаружи шкуры прижимали камнями. Можно предполагать, что они имели округлую форму как наиболее оптимальную и менее трудоемкую. Внутри сооружался очаг, под него делали небольшое углубление, которое обкладывали камнями. Такие жилища были сезонными и не функционировали в холодное время года, поскольку недостаточно хорошо сохраняли тепло. Если бы эти постройки использовались зимой, то в них должны были фиксироваться следы мощных очагов, а такие встречаются крайне редко. В Притоболье было исследовано наземное мезолитическое жилище на стоянке Убаган III. Оно было построено охотниками на берегу небольшой речки Убаган, недалеко от впадения в реку Тобол. На ровной площадке берега реки сначала расчистили участок пола, слегка углубив его и выровняв, затем соорудили столбовую конструкцию с опорными столбами в центре и по периметру, ограничив площадку размерами около 80 кв. м. Возможно, в жилище было два выхода – один к реке, другой – параллельно берегу. В восточной части возле одного из выходов располагалось кострище размером 1,1 х 0,8 м. Пол в жилище, особенно в центре и возле очага, был сильно утоптан, здесь концентрировались основные находки каменных орудий.
Наиболее ранним из немногочисленных древних погребений является погребение у села Пеган в Курганской области, в лесостепной зоне Зауралья. Летом 1949 года местные жители обнаружили в глинистой стенке карьера полуразрушенный скелет человека в вертикальном положении. Ступни ног погребенного находились на глубине около 3 м от поверхности. В ногах было найдено четыре предмета: каменный шлифованный топор, костяной однолезвийный нож-кинжал, обломок другого костяного ножа, костяная игловидная поделка.